Процесс настройки оборудования включает в себя установку параметров идентификации, сетевых интерфейсов, маршрутизации, настройку брандмауэра и других функций. Для упрощения процесса конфигурирования Mikrotik предоставляется скрипт, который можно использовать для быстрой настройки оборудования. Этот скрипт используется через командную строку или WebFig - графический интерфейс управления RouterOS. Инструкция конфигурирования

Конфигурирование разделяется на конфигурирование главного устройства сети - маршрутизатора и конфигурирование капов если будет использоваться контроллер Capsman.

Конфигурирование маршрутизатора имеет два варианта:
1. Роутер - на маршрутизаторе настраивается единственная сеть с идентификацией в Wi-Fi и на всех портах, а также VLAN id 10 на 3-ем порту (например, для использования с оборудованием поддерживающее тегирование трафика - unifi и тп).К маршрутизатору в режиме Роутер можно подключить любые точки доступа. Инструкция подключения
2. Контроллер - на маршрутизаторе настраивается Capman, и две сети - менеджмент-сеть и сеть с идентификацией, после чего к Маршрутизатору можно подключить другое оборудование MikroTik конфигурированное как Капы. В отличии от конфигурирования роутера, конфигурирование контроллера не включает идентификацию на портах, то есть все устройства подключенные витой парой к оборудованию не идентифицируются.
Бесшовный роуминг Контроллера позволяет пользователям автоматически переключаться между точками доступа, обеспечивая бесперебойный доступ к сети Интернет, но требует сеть построенную исключительно на оборудовании MikroTik.

Капы, использующиеся в связке с контроллером, конфигурируются каждая своим скриптом. Сперва необходимо добавить точку доступа Mikrotik в список оборудования как Кап, после чего появиться ее персональный скрипт в разделе конфигурирования. Настраивать Капы одним и тем же скриптом нельзя, поскольку они будут конфликтовать в сети и к ним не будет доступа.